Baja por Enfermedad Autónomo: 60% o 75% de la Base

Te pones enfermo el lunes. El martes tampoco puedes trabajar. Para el miércoles ya llevas dos días sin facturar, con la cuota del mes a punto de cargarse y sin saber cuándo volverás a estar en condiciones. Y la pregunta que te ronda la cabeza no es médica: es económica. ¿Qué vas a cobrar durante la baja?

La respuesta existe, tiene porcentajes concretos y plazos exactos. Pero el 80% de los autónomos no los conoce hasta que los necesita, que es exactamente el peor momento para descubrirlos.

Esta guía te explica cuánto cobrarás, durante cuánto tiempo, cómo se tramita la baja y qué pasa con tu cuota y tus impuestos mientras no puedes trabajar.

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¿Cuánto cobra un autónomo de baja por enfermedad?

La prestación por incapacidad temporal (IT) para autónomos no es un importe fijo. Depende del tipo de contingencia, del día de baja en que te encuentres y, sobre todo, de la base de cotización que hayas elegido según tu tramo de ingresos.

Los porcentajes según el tipo de baja

Para enfermedad común o accidente no laboral, el esquema es el siguiente:

Para accidente de trabajo o enfermedad profesional, la norma es más generosa: cobras el 75% desde el día siguiente al inicio de la baja, sin periodo de carencia de tres días.

Cómo se calcula la base reguladora diaria

La base reguladora diaria es simple: se divide la base de cotización del mes anterior a la baja entre 30. No es la media anual ni el promedio de los últimos meses — es el mes inmediatamente anterior.

Esto tiene una implicación práctica importante: si cambias de base en el mes antes de una baja, ese cambio ya afecta al cálculo de tu prestación. El sistema es inmediato.

Dos ejemplos reales con los tramos vigentes en 2026

Pongamos números concretos para que la diferencia sea visible.

Ejemplo 1 — Tramo 1, base mínima (653,59€/mes):

• Base reguladora diaria: 653,59 / 30 = 21,79€/día
• Días 4 al 20: 21,79 × 60% = 13,08€/día
• Desde el día 21: 21,79 × 75% = 16,34€/día
• Ingreso mensual aproximado desde el día 21: ~490€/mes

Cuatrocientos noventa euros al mes. Para muchos autónomos, eso no cubre el alquiler.

Ejemplo 2 — Base de cotización de 1.500€/mes:

• Base reguladora diaria: 1.500 / 30 = 50,00€/día
• Días 4 al 20: 50,00 × 60% = 30,00€/día
• Desde el día 21: 50,00 × 75% = 37,50€/día
• Ingreso mensual aproximado desde el día 21: ~1.125€/mes

La diferencia entre los dos escenarios no es marginal. Son más de 600 euros al mes en caso de baja prolongada. Consulta la tabla de tramos de cotización 2026 para ver exactamente en qué rango está tu base actual.

Base mínima y baja: una combinación arriesgada

Si cotizas por la base mínima del Tramo 1 (653,59€/mes) y te pones de baja, cobrarás solo 13,08€/día durante los primeros días. Eso son unos 385€ en los primeros 30 días de baja. Antes de asumir ese riesgo, lee nuestra guía sobre cómo elegir tu base de cotización en 2026 para valorar si te compensa subir.

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Requisitos para cobrar la prestación por IT

No cualquier autónomo en baja cobra automáticamente. Hay condiciones que debes cumplir, y algunas no son obvias.

Cotización mínima previa (carencia)

Para la enfermedad común, necesitas haber cotizado al menos 180 días en los últimos 5 años. No vale cotización discontinua de hace tiempo — deben ser 180 días dentro del periodo de los 5 años anteriores a la baja.

Para accidente (tanto laboral como no laboral) y enfermedad profesional, no existe periodo de carencia. Si te caes por las escaleras el primer día que estás de alta como autónomo, tienes derecho a la prestación desde el día siguiente.

Estar al corriente de pago

Este punto es donde muchos autónomos se llevan una sorpresa. Debes estar al corriente en el pago de tus cuotas en la fecha del inicio de la baja. Si tienes cuotas atrasadas, la mutua puede denegarte la prestación o reducirla.

La norma permite una invitación al pago: si en el momento de la baja no estás al corriente, tienes la posibilidad de regularizar la deuda para que la prestación entre en vigor desde que cumplas ese requisito.

Cobertura de IT: obligatoria desde 2019

Este es uno de los conceptos más mal entendidos. La cobertura de incapacidad temporal es obligatoria para todos los autónomos desde 2019 (con la aprobación del Real Decreto-ley 28/2018). No es una opción que puedas contratar o rechazar.

Cuando te diste de alta en el RETA, quedaste automáticamente cubierto por esta contingencia a través de la mutua colaboradora con la Seguridad Social a la que estás adscrito. Existen excepciones limitadas para determinados colectivos, como los autónomos agrarios del SETA, pero para la inmensa mayoría es obligatoria.

Si no recuerdas a qué mutua perteneces, puedes consultarlo a través del portal Import@ss de la Seguridad Social.

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Cómo tramitar la baja: paso a paso

El proceso tiene cinco momentos clave. Conocerlos de antemano te evita retrasos en el cobro y problemas administrativos.

Paso 1: El parte de baja médico

El proceso empieza con tu médico de cabecera (en el sistema público) o con la mutua directamente (si la baja es por accidente de trabajo o enfermedad profesional). El facultativo emite el parte de baja, que desde 2023 (RD 1060/2022) se transmite electrónicamente al sistema de Seguridad Social.

No necesitas llevar papel a ningún sitio — el parte viaja solo entre organismos.

Lo que sí recibirás tú es una copia en papel o digital del parte, con el código de diagnóstico y la duración estimada. Guárdala.

Paso 2: Comunicar la baja a tu mutua (plazo: 15 días)

Tienes 15 días naturales desde la fecha del parte de baja para presentar la solicitud de prestación a tu mutua. Este plazo es importante — si lo superas, puedes perder días de cobro.

La documentación que necesitarás llevar o enviar:

• Solicitud de prestación de IT (formulario de la mutua)
• DNI o NIE en vigor
• Declaración de situación de actividad (ver paso 3)
• Modelo 145 de retenciones del IRPF

Paso 3: La declaración de situación de actividad

Este documento es clave y muchos autónomos no lo conocen. Cuando solicitas la IT, debes declarar qué va a pasar con tu actividad durante la baja. Tienes tres opciones:

1. La actividad continúa porque tienes empleados o familiares que se hacen cargo del negocio.
2. Sigues gestionando aspectos administrativos a pesar de la baja. Cuidado: esta opción puede ser interpretada como actividad laboral por la mutua, lo que pondría en riesgo la prestación.
3. La actividad queda suspendida durante el periodo de baja.

La opción que declares tiene consecuencias. Si declaras que la actividad continúa con empleados y luego se descubre que no es así, la mutua puede reclamar lo cobrado. Sé honesto y preciso.

Paso 4: Los partes de confirmación

Dependiendo de la duración estimada de la baja que fije el médico, los partes de confirmación tienen periodicidades distintas. Bajas de menos de 5 días se cierran con el propio parte de baja; bajas más largas requieren partes de confirmación periódicos hasta el alta. Con el sistema digital implantado en 2023, estos partes también se transmiten automáticamente — ya no tienes que llevarlos a ningún sitio.

Paso 5: El alta médica

Cuando el médico considera que estás recuperado, emite el parte de alta. La prestación cesa en esa fecha.

Si el médico te da de alta y crees que no estás en condiciones de trabajar, puedes impugnar. El plazo depende de quién emitió el alta: 10 días hábiles si fue la mutua, 11 días hábiles si fue tu médico de cabecera, o solo 4 días naturales si fue el INSS tras superar los 365 días de baja. En todos los casos, la impugnación se presenta ante el INSS.

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Tu cuota y tus impuestos durante la baja

Este es el apartado que más confusión genera. ¿Sigues pagando la cuota? ¿Qué hago con el IVA? ¿Puedo facturar algo?

La cuota de autónomo durante la IT

Durante los primeros 60 días de baja, sigues pagando tu cuota de autónomo íntegramente. La baja médica no suspende automáticamente las cuotas del RETA.

A partir del día 61, cambia todo. Según el artículo 309.2 de la LGSS, en la redacción introducida por el Real Decreto-ley 13/2022, la mutua asume el pago de tus cotizaciones por todas las contingencias.

No pagas nada — la mutua lo paga en tu nombre directamente a la Tesorería General de la Seguridad Social. Y lo hace por la base por la que venías cotizando, sin reducirla.

Hay un detalle importante sobre las recaídas: si te recuperas y vuelves a caer por la misma enfermedad en un plazo de 180 días desde el alta, se considera la misma baja y el contador de los 60 días continúa donde lo dejó, no se reinicia. Si los 60 días ya estaban superados cuando te diste de alta, la mutua seguirá asumiendo las cuotas desde el primer día de recaída.

El IRPF: dónde va la prestación

La prestación de IT tributa en el IRPF como rendimiento del trabajo, no como rendimiento de actividad económica. Esta distinción tiene consecuencias prácticas concretas.

Al ser rendimiento del trabajo, no la incluyes en el Modelo 130 trimestral que presentas a Hacienda. Tu Modelo 130 solo recoge los rendimientos de tu actividad económica, y mientras estás de baja, esos son cero.

La mutua aplicará una retención sobre la prestación, igual que lo hace una empresa con sus empleados.

Al final del año, te emitirá un certificado de retenciones que incluirás en tu declaración de la Renta anual junto con todos tus demás rendimientos.

El IVA y el Modelo 303 durante la baja

Aquí viene el punto que muchos descuidan. Aunque no hayas tenido ninguna actividad durante el trimestre, debes presentar el Modelo 303 de IVA en el plazo habitual. Presentar una declaración sin operaciones (a cero) es perfectamente válido. No presentarla genera una sanción automática por declaración extemporánea.

Lo mismo aplica al Modelo 130: si no has tenido rendimientos de actividad, presentas el modelo en cero — pero lo presentas.

¿Puedes facturar estando de baja?

Esta pregunta tiene una respuesta clara y una matización importante.

No puedes realizar actividad profesional nueva ni emitir facturas por trabajos que realizas durante la baja. Si la mutua o la Seguridad Social detecta que estás trabajando mientras cobras la prestación, la consecuencia es la extinción inmediata de la IT y la obligación de devolver todo lo cobrado.

Además, trabajar estando de baja se considera infracción grave bajo la LISOS, con sanciones administrativas de hasta 7.500€. Si hay facturación activa, la AEAT puede añadir sanciones fiscales adicionales.

Sí puedes facturar trabajos que completaste antes del inicio de la baja y cuyo plazo de facturación legal no ha vencido todavía. Si entregaste un proyecto el 1 de marzo y te pusiste de baja el 5 de marzo, puedes emitir esa factura porque el trabajo ya estaba hecho. Lo que no puedes es aceptar encargos nuevos, asistir a reuniones de trabajo o prestar servicio activo.

En caso de duda, consulta con tu gestoría antes de emitir cualquier factura durante la IT. Las consecuencias de equivocarse son desproporcionadas respecto al beneficio.

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Duración máxima y qué pasa si no te recuperas

La incapacidad temporal tiene un límite legal. Conocerlo es importante tanto para planificar como para entender qué opciones tienes si la recuperación se alarga.

Los plazos máximos

La IT puede durar un máximo de 365 días. Si al llegar a ese límite el médico prevé curación, el INSS puede prorrogar la baja 180 días más, llegando a un total de 545 días (algo más de 18 meses).

Durante el primer año, es tu médico de cabecera o la mutua quien controla la baja. A partir del día 366, el control médico y económico pasa íntegramente al INSS, que evalúa si la prórroga está justificada.

Si no te recuperas al agotarse el plazo

Agotados los 545 días sin recuperación, el INSS evalúa si procede iniciar un expediente de incapacidad permanente (IP). Hay varios grados:

• IP parcial: reduce en al menos el 33% tu capacidad para tu profesión habitual. Cobras una indemnización a tanto alzado.
• IP total: te impide ejercer tu profesión habitual, pero puedes trabajar en otra. Cobras una pensión vitalicia del 55% de tu base reguladora (puede aumentar al 75% si tienes más de 55 años — se presume la dificultad de reinserción laboral por edad, formación y circunstancias del mercado local. Es incompatible con estar trabajando o percibir prestación de desempleo, y debes solicitarlo expresamente al INSS).
• IP absoluta: te impide cualquier tipo de trabajo. Cobras el 100% de tu base reguladora.
• Gran invalidez: necesitas ayuda de terceras personas para los actos básicos de la vida. Pensión del 100% más complemento de gran invalidez.

La pensión de incapacidad permanente que cobres estará directamente relacionada con tu historial de cotización y tu base reguladora — exactamente igual que ocurre con la pensión de jubilación.

Recaída dentro del plazo

Si te das de alta y recaes por la misma enfermedad antes de que pasen 180 días, los periodos se suman. El contador de los 365 días no empieza de cero con cada recaída — acumula. Esto es relevante si tienes una enfermedad crónica o con brotes recurrentes.

Casos especiales: pluriactividad

Si eres autónomo en pluriactividad — tienes empleo por cuenta ajena además de tu actividad autónoma — la IT funciona de forma diferente por cada régimen. Cobrarás la prestación por IT del Régimen General (a través de la mutua de tu empresa) y, si has mantenido la cobertura de IT en el RETA, también la del RETA (a través de tu mutua de autónomos), calculadas de forma independiente. En pluriactividad es posible renunciar a cotizar por IT en el RETA si ya estás cubierto como asalariado.

Los autónomos societarios (administradores de una SL que cotizan en el RETA) también tienen acceso a la IT en las mismas condiciones, pero su situación fiscal durante la baja puede ser más compleja porque la sociedad sigue activa aunque el administrador no trabaje. En estos casos es especialmente importante coordinar con la gestoría desde el primer día.

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Preguntas frecuentes

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